Nach seinem Studium arbeitete Jan Isenbart 1995 zunächst als Redakteur beim Media-Daten Verlag. 1997 dann der Schritt in die Vermarktungswelt als Kommunikationsreferent bei IP Deutschland, wo er 2003 zum Bereichsleiter Mediaforschung & Services berufen wurde.

Seit 2009 verantwortete Isenbart als Direktor innerhalb der Mediengruppe RTL Deutschland den Forschungsbereich. 2016 wechselte Isenbart zum Public-Private Vermarkter ARD-Werbung SALES & SERVICES GmbH (seit 2022 ARD MEDIA GmbH), wo er als Geschäftsleiter den Bereich Forschung & Service verantwortet. Er ist zudem Vorstand der Gattung Radio/Audio in der Arbeitsgemeinschaft Media-Analyse (agma) und Board-Mitglied der egta, des internationalen Vermarkter-Verbandes.